Misje na Shinobi Legends odgrywają bardzo istotną rolę nie tylko w fabule, ale i też w rozwoju samej postaci. Jedną z nagród jest bowiem odpowiednia ilość Punktów Umiejętności (PU), które możemy w przyszłości wydać na naukę dowolnej techniki. Misje są prowadzone w formie sesji, a zakładane w subforum o tej samej nazwie, które możesz znaleźć w każdej z dostępnych wiosek. Jak nietrudno się domyślić, wyprawę takową nadzoruje MG, a przewodzi jej kapitan drużyny (NPC lub gracz). Genini chodzą najczęściej w swoich grupach, czasem można takowe łączyć. Od stopnia chuunina ma się możliwość wybrania, z kim się na misję idzie (jeśli Kage da nam wolną rękę w owej sprawie).

Podział misji od stopnia najniższego:

Ranga E: 1 PU, do 1000 ryo, min. genin
Ranga D: 3 PU, pozostałe jak wyżej
Ranga C: 5 PU, do 2500 ryo, min.chuunin
Ranga B: 7 PU, pozostałe jak wyżej
Ranga A: 10 PU, do 5000 ryo, min.jounin
Ranga S: 15 PU, do 7000 ryo, min.jounin